Y sale el marcador para los hongos: ITS como código de barras de ADN

A Universal DNA Barcode for Fungi

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Conclusiones de la Reunion Nacional de la Red MexBOL 2011

documento Conclusiones Reunión Nacional MexBOL2011

Impresiones de la “Barcode of Life International Conference. Adelaide 2011”

(elaborado por Patricia Escalante y Lidia Cabrera)

Además de dos talleres introductorios (“Workshop on Informatics and Short course on DNA Barcoding Methods”), la Conferencia estuvo precedida por una reunión correspondiente a la sesión de iBOL (International Barcode of Life). Esta fue una reunión abierta en donde se presentaron varias conferencias magistrales con temas de actualidad, en los que los códigos de barras del ADN están siendo una herramienta muy útil de conocimiento. Posteriormente el Comité Directivo (CD) presentó una discusión sobre el tema de la liberación de los datos, ya que han habido algunos problemas entre los representantes de GenBank y BOLD (Barcode of Life Data Systems) y había que tomar algunas determinaciones. Por un lado BIO (Biodiversity Institute of Ontario, University of Guelph, Canadá) ha sido muy respetuoso de la propiedad intelectual de la información de los PIs (investitadores principales) y también desea evitar problemas legales, entonces aunque ellos desearían liberar los datos al año de producidas las secuencias como se ha dicho en previas reuniones, eso no ha sido llevado así por parte de los Pis (investigadores principales). Aunado a lo anterior, BIO obtiene su financiamiento de acuerdo al número de barcodes producidos y enviados a GenBank. Por lo tanto, BIO estaba mandando de inmediato (con el VoBo del PI) las secuencias producidas aunque no estén completos sus datos, solamente con la información de identificación a nivel de orden y el país de origen, dando tiempo a que los PIs las analicen y publiquen. Al parecer ha habido criticas por parte de usuarios de GenBank, miembros de la comunidad sistemática. El CD puso a consideración de los representantes las siguientes propuestas a los miembros de iBOL: a) liberar las secuencias inmediatamente después de producirse; b)liberarlas al año; c) liberarlas después de dos años; d) o hasta que el PI quiera. Esta fue una discusión de suma importancia para el futuro del proyecto, dado que como se verá adelante, la mayoría de los PIs están liberando las secuencias hasta que publican, no antes. La votación para la propuesta “a” fue muy baja (prácticamente los usuarios), para la “d” fue nula, pero para la “b” y la “c” fueron altas, aunque ganó por una proporción de 1-3 votos la “c. De esa forma Paul Hebert sugirió un período de tiempo de 18 meses para la liberación de las secuencias y se espera que ellos lo incorporarán en sus MTA (material transfer agreement) para ser aplicados a la hora de recibir placas para su procesamiento, en tal caso ya no tendrían que esperar a que el PI las libere o quizás si el PI no lo hace simplemente ya no le procesarían nada. Los representantes de GenBank quizás estuvieron un poco decepcionados, pero lo importante fue que percibieron el sentir de la comunidad de barcoders. Se hicieron inmediatamente algunos comentarios al respecto por los presentadores en la Conferencia y en los tweeters, los más relevantes son que secuenciar biodiversidad no es lo mismo que secuenciar muestras de humanos y lo relevante y complejo del trabajo taxonómico. Todos están dispuestos a liberar las secuencias siempre y cuando se otorgue prioridad a la publicación de artículos y esperamos que cada una de las partes cumpla con esos compromisos en tiempo y forma. Posteriormente en la Conferencia se anunció que el Dr Janzen había acordado liberar una buena cantidad de secuencias para GenBank (en el orden de cien mil o más), lo cual ayuda a esta práctica de acceso público a los datos y atender algunas críticas.

La reunión científica para nosotras fue espectacular en muchos sentidos, porque en dos años se ven grandes avances en este proyecto. Uno de los más importantes es que los trabajos ya no eran de unos 100 barcodes por presentación sino de miles. Otro aspecto fundamental es que ya se pasó de la validación de la herramienta para la determinación a las aplicaciones ya sean de manejo, ecológicas, evolutivas, etc. A la reunión atendieron 463 delegados de 61 países destacando una participación más nutrida de sectores oficiales y compañías privadas que en previas Conferencias.

Los trabajos de investigación que se presentaron se pueden consultar en el programa y en el portal de la red social de barcoders. Les recomendamos seguir este link
http://www.dnabarcodes2011.org/conference/program/schedule/index.php
y por supuesto les recomendamos escuchar algunas ponencias que ya se publicaron en el portal. Los avances para establecer los marcadores en el caso de hongos, algas y protistas son muy interesantes, y la interpretación evolutiva de los datos en el juego de evolución de los genomas de los organelos y el núcleo de Paul Hebert también fue en nuestra opinión de lo más brillante.

Por supuesto que hubo una variedad importante de temas y grupos que incluyeron material de colecciones y de campo. Los principales temas fueron: inventarios de biodiversidad (72%), filogenias (52%), aplicaciones ecológicas (46%), taxonomía (42%) y desarrollo de la biblioteca de referencia (35%), entre muchos otros. En el tema de las aplicaciones lo más notable fue la parte forense, especialmente por la representación del tema de parte de delegados de Australasia. No pudimos por supuesto atender a todo porque había sesiones concurrentes. Las de informática seguramente destacaron, aunque para nosotras también las de los proyectos de vinculación con la sociedad o educativos fueron importantes, así como los de la formación de redes nacionales o la consolidación de nodos institucionales, que también fue una sesión muy ilustrativa del proyecto y para nuestro propio desarrollo.

De acuerdo a los datos de una encuesta que fueron presentados por CBOL, así es como está avanzando el proyecto. Para esta Conferencia, las secuencias fueron producidas en escalas de 10s, 100s o 1000s, utilizando servicios comerciales de secuenciación (32%), el centro de código de barras de Canadá (29%), en laboratorios del investigador o grupo (24%) y en laboratorios institucionales (28%).

Inicialmente para la conferencia se presentaron 379 resúmenes. En donde a los presentadores se les realizó una encuesta. la cual fue respondida por 225 presentadores, y así está la información: 125 presentadores respondieron que tienen datos privados en BOLD (no los han liberado), 70 mantienen sus datos en computadoras personales, 60 los tienen púbicos en GenBank, 44 mantienen los datos no publicados en GenBank y 18 los tienen públicos en BOLD.

Los progresos en el código de barras de plantas fueron una novedad con relación a previas conferencias, con la evaluación de la información que recuperan los fragmentos de matK y rbcL y la incorporación de los ITS. También se presentó la aplicación de los códigos de barras para la detección de comercio ilegal de maderas, o en la protección de consumidores con los contenidos de los tés. Así también ya hubo una mayor representación de trabajos (64) de plantas.

También destaca la presentación del acuerdo de usar los ITS como código de barras estándar para hongos (MS en revisión en PNAS), presentación en http://www.dnabarcodes2011.org/documents/presentations/12-3/plenary3/1430-Schoch.pdf.

Otro avances fueron la adopción de los códigos de barras por una agencia gubernamental (US Food and Drug Administration, FDA) y la observación de que la adopción depende de que los taxonómos pongan nombres a los BINs (grupos de barcodes que seguramente son nuevas especies, que por cierto van a haber millones).

Lógicamente también se habló de la expansión del uso de la secuenciación de la siguiente-generación, especialmente para el análisis de muestras mezcladas (sesión de DNA ambiental, con 18 presentaciones), y de su aplicación en ecología y evolución y también se mencionó la tercera revolución que llega ahora con el método de secuenciación Ion Torrent (hubo un stand de Life Technologies a propósito) que va a dar la posibilidad de secuenciar genomas a costos más bajos.

Nuevamente se resaltaron los beneficios para el proyecto si se trata de tener una mayor participación de las colecciones de museos grandes, especialmente las que tienen asociados tejidos congelados, en ese sentido se anunció la próxima liberación de un importante número de barcodes de aves de la Colección del Smithsonian (aprox. 2800 la mayoría de la región Neotropical –Panamá, Brasil, etc.). También se resaltó la importancia de establecer ligas con instituciones que tienen desarrolladas plataformas bioinformáticas como GBIF. Se plantearon metas a corto plazo como crear vínculos con comunidades que puedan ser potenciales usuarios como agencias gubernamentales o compañías privadas.

La representación mexicana estuvo compuesta por 12 participantes y se dieron 7 presentaciones orales y 5 posters (b). Por parte del IBUNAM se presentaron 2 pláticas (Lidia Cabrera, angiospermas de Calakmul; Patricia Escalante, aves de México) y dos posters (Karen Hernández angiospermas de Los Tuxtlas, Patricia Rosas Nymphalidae de México).

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